1985年作出《关于科技体制改革的决定》（下称决定），揭开了全面科技体制改革的序幕。曾参与制定这一政策的吴明瑜说，这个改革决定的基本点是要适应市场经济的要求，承认技术的商品属性，开拓技术市场，促进技术和经济的结合。改革科技事业拨款制度是决定中极为重要又非常具体的改革措施。它的目标是在保证科技经费不断增长的前提下，既要保证基础研究和公益性研究服务的经费，同时又鼓励从事技术开发的机构和科技工作者，通过市场化手段创造收入、增加开发经费，促进科技工作更好地同经济工作结合，即后来归纳的“稳住一头，放开一片”的政策。

    在此期间，加大了对科学基础研究工作的重视力度，建立国家自然科学基金制，恢复职称评定，加强中科院建设，建立博士后制度，建设国家重点实验室等。1988年，我国又先后批准建立了53个国家高新技术产业开发区，先后制定了“星火计划”、“863计划”、“火炬计划”、“攀登计划”、重大项目攻关计划